祖源树 سجل دخولك عينة علمية عينات الرفات أوراق الحمض النووي

Medieval Mongolian aDNA PMD benchmark

معيار PMD للحمض النووي القديم المنغولي في العصور الوسطى
PRJEB112497 2026-09-072 عينة (الدراسة)

تفسير الذكاء الاصطناعيمولّد بالذكاء الاصطناعي

مقارنة طرق تصحيح تلف الحمض النووي القديم في عينتين منغوليتين من العصور الوسطى.

يقارن هذا المشروع ثلاث طرق لتصحيح التلف في الحمض النووي القديم: القطع الطرفي، وإعادة قياس جودة القواعد بواسطة mapDamage2، وإخفاء SNPs المعروفة بواسطة bamRefine. استُخدمت مكتبات معالجة بالكامل بإنزيم UDG وأخرى غير معالجة من فردين منغوليين من القرنين الثالث عشر والرابع عشر الميلاديين. أظهرت الأدلة الجينية علاقة أبوة-بنوة بين الفردين، ولم تتفوق أي طريقة تصحيح في جميع المقاييس.

تفسير العينات

تتكون العينة من فردين منغوليين من موقع أورتسوغ أوفو يعودان إلى القرنين الثالث عشر والرابع عشر الميلاديين، وهما ORT15 وORT16. تم تسلسل الجينوم الكامل لهما باستخدام Illumina NovaSeq X من مكتبات مزدوجة الشريط محضرة من العظم الصخري. عدد العينات الإجمالي هو 2، وكلاهما يحمل السلالة الأمومية D4o1.

لعشاق علم الأنساب

يفيد هذا البحث عشاق علم الأنساب القديم بضرورة اختيار طريقة تصحيح التلف المناسبة حسب التحليل، وعدم الاعتماد على طريقة واحدة لكل الحالات. كما يؤكد أهمية العينات المنغولية في دراسة العلاقات الأسرية القديمة.

الملخص

يقارن هذا المشروع بين تقليم الأطراف، وإعادة قياس جودة القواعد بواسطة mapDamage2، وإخفاء SNPs المعروفة بواسطة bamRefine في مكتبات متطابقة معالجة بالكامل بإنزيم اليوراسيل-DNA غليكوزيلاز (full-UDG) ومكتبات غير معالجة بـ UDG من فردين من العصر المنغولي في العصور الوسطى، ORT15 وORT16، من أورتسوغ أوفو (القرنان الثالث عشر والرابع عشر الميلاديان). قيّمنا دعم الأليلات المرتبطة بالتلف، والاحتفاظ بالمواقع، والتوافق في الاستيفاء بين المكتبات، واستنتاج القرابة. أدلت الأدلة الوراثية بدعم وجود علاقة بين الوالد والنسل، ولم يُظهر أي من طرق التصحيح أداءً أفضل عبر جميع المقاييس. تتألف مجموعة البيانات من تسلسل الجينوم الكامل المقترن النهايات باستخدام Illumina NovaSeq X لمكتبات مزدوجة الشريط مُحضّرة من العظم الصخري.

العينات والبيانات على TheYtree

2عينات في الموقع
0تم تحديد السلالة Y

السلالات الأمومية (mtDNA)