Evolutionary history and recurrent host adaptation in ancient Salmonella enterica

السالمونيلا المعوية تحت النوع المعوي هي مُمْرِض بكتيري شديد التنوع يسبب إصابات متكررة وأمراضًا منقولة بالغذاء بين السكان البشر. تم وصف أكثر من 1500 سلالة بكتيرية مختلفة (أنماط مصلية)، وكثير منها له نطاق واسع من المضيفين. وقد تكيّف عدد قليل من الأنماط المصلية للإصابة بمضيفين محددين: ومن بين هذه، تسبب الأنماط المصلية التيفية والتيفية الجانبية A وB وC إصابات جهازية خاصة بالرئيسيات (حمى التيفوئيد وحمى نظيرة التيفوئيد). وعلى الرغم من أن النمط المصلي التيفي الجانبي C هو واحد من أندر الأنماط المصلية الخاصة بالبشر اليوم، إلا أنه كان منتشرًا على نطاق واسع في السابق، وجميع جينومات السالمونيلا القديمة المنشورة حتى الآن تنتمي إلى هذه السلالة أو هي سلف لها. هنا، نقدم 53 جينومًا جديدًا لسالمونيلا قديمة تمتد عبر أوراسيا وتعود إلى ما بين 3500 قبل الميلاد و1300 ميلادي. تتيح لنا هذه المجموعة الجينومية الغنية إعادة بناء التاريخ التطوري لهذا المُمْرِض بتفصيل غير مسبوق. نحدد سلالات ما قبل تاريخية منقرضة متعددة تسببت في إصابات في جميع أنحاء أوراسيا. وتُ observed أحداث استبدال سلالات متعددة throughout العصور ما قبل التاريخية والتاريخية، ويُستخدم التحليل التطوري البايزي لتأريخ وتحديد أحداث تكيّف المضيف ضمن هذه السلالة. نجد أن السلالات الفرعية المتكيفة مع المضيف التيفية الجانبية C والكوليراسويس والتيفيسويس استمرت في تطوير خصوصية المضيف بشكل مستقل عن بعضها البعض. نعيد بناء إشارات التكيّف المتقارب مع المضيف في السلالات المدروسة وسلالات أخرى متكيفة مع المضيف من خلال تحليل الجينات الزائفة المشتركة وأحداث اكتساب وفقدان الجينات المتكررة. يُظهر هذا التحليل دورًا للتفاعلات مع المضيف كهدف خاص للانتقاء، مما يسلط الضوء على التكيّف التدريجي لهذه السلالة من السالمونيلا المعوية مع البشر الذي يتزامن مع تكثيف تربية الحيوانات في المجتمعات الرعوية والزراعية المستقرة.