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High incidence of AZF duplications in clan-structured Iranian populations detected through Y chromosome sequencing read depth analysis

Hohe Inzidenz von AZF-Duplikationen in clan-strukturierten iranischen Populationen, nachgewiesen durch Analyse der Lesetiefe der Y-Chromosom-Sequenzierung
PRJEB61684 Originalarbeit / DOI2023-07-2287 Proben (Studie)

KI-InterpretationKI-generiert

Y-Chromosom-Read-Depth-Analyse zeigt: AZF-Duplikationen sind bei patrilinearen iranischen Clans doppelt so häufig wie in 1000 Genomes.

Die Studie untersuchte das Y-Chromosom von 87 Iranern aus verschiedenen Ethnien mittels NGS-Read-Depth. Dabei wurden Duplikationen in der AZFb/c-Region gesucht, die durch ungleiche Rekombination entstehen und die Fruchtbarkeit beeinträchtigen können. Überraschend: Die Duplikationsrate war doppelt so hoch wie im 1000-Genome-Datensatz. Besonders betroffen waren patrilineare Gruppen, was mit ihrer kleineren effektiven Männerpopulation und dadurch schwächerer negativer Selektion erklärt wird.

Proben-Interpretation

Von 87 iranischen Männern wurden 87 Y-Chromosomen aufgelöst. Die häufigsten Haplogruppen waren T-TY491558 (3), J-TY491553 (2), J-Y83029 (2), J-TY491551 (2) und N-Y37153 (2). Die Stichprobe umfasst verschiedene ethnische Gruppen, jedoch keine angegebenen Kulturen. Die geringe Anzahl pro Linie deutet auf clanbasierte Strukturen hin, die die Interpretation der Duplikationsraten beeinflussen.

Für Ahnenforscher

Für Ahnenforscher zeigt sich: In patrilinearen Clans können Y-chromosomale Duplikationen häufiger sein als in offenen Populationen. Wer seine väterliche Linie erforscht, sollte bei Fruchtbarkeitsthemen nicht nur Deletionen, sondern auch Duplikationen der AZF-Region bedenken – besonders in endogamen Clanstrukturen.

Zusammenfassung

Die ampliconische Region des menschlichen Y-Chromosoms besteht aus großen duplizierten Sequenzen, die eine nicht-allelische homologe Rekombination (NAHR) durchlaufen können, was zu strukturellen Umlagerungen führt, die Unfruchtbarkeit verursachen können, insbesondere wenn sie in der Azoospermie-Faktor-b/c- (AZFb/c-)Region auftreten. Obwohl AZF-Duplikationen aufgrund der technischen Einschränkungen von STS-basierten Studien, die sich hauptsächlich auf Deletionen konzentrierten, lange vernachlässigt wurden, lieferten neuere Next-Generation-Sequencing- (NGS-)Technologien Belege für ihre Bedeutung für die Fertilität. In dieser Studie wurde ein NGS-Read-Depth-Ansatz verwendet, um AZFb/c-Umlagerungen bei 87 Iranern aus verschiedenen ethnischen Gruppen nachzuweisen. Die Duplikationsfrequenz im Iran erwies sich als doppelt so hoch wie im „1000 Genomes“-Datensatz. Interessanterweise wurden die meisten Duplikationen in patrilinearen ethnischen Gruppen gefunden, möglicherweise als Folge ihrer geringeren effektiven männlichen Populationsgröße, die der negativen Selektion entgegenwirken kann. Darüber hinaus fanden wir eine große Duplikation von 8,0 Mb, die zu einer vierfachen Erhöhung der Kopienzahl der AZFc-Gene führt, was nach unserem Wissen die größte jemals in dieser Region berichtete Duplikation ist. Insgesamt legen unsere Ergebnisse nahe, dass es wichtig ist, nicht nur AZF-Deletionen, sondern auch Duplikationen zu berücksichtigen, um die Ursachen männlicher Unfruchtbarkeit zu untersuchen, insbesondere in patrilinearen clanbasierten Populationen.

Proben & Daten auf TheYtree

87Proben auf der Website
87Y-Haplogruppe bestimmt

Paternale (Y-DNA) Haplogruppen

HaplogruppeProben
T-TY491558 3
J-TY491551 2
N-Y37153 2
J-TY491553 2
J-Y83029 2
J-BY74227 1
T-Y6418 1
R-Z2110 1
J-Z40512 1
J-Y6240 1
L-Y155873 1
E-BY56372 1

Proben-Highlights Weitere Proben →

ProbeY-DNAmtDNAKultur / Periode
R083 J-TY491551 —
R013 R-Y65452 —
R068 R-SK2014 —
R018 R-FGC52936 —
R003 J-FT249691 —
R086 G-Z6764 —
R001 T-Y152024 —
R002 R-Z2110 —
R004 Q-FT387652 —
R005 J-Y144533 —