Mütterliche Linien prägten die Verwandtschaft in Çatalhöyük über Jahrtausende.
Zwei Studien untersuchten 395 Individuen aus Çatalhöyük (8000–5800 v. Chr.), von denen 131 genetisch analysiert werden konnten. Die Ergebnisse zeigen, dass die Verwandtschaftsstrukturen sich im Laufe der Zeit wandelten, aber Bewohner desselben oder benachbarter Häuser hauptsächlich über die mütterliche Linie miteinander verwandt waren. Zudem breiteten sich kulturelle Praktiken offenbar ohne nennenswerte genetische Vermischung aus.
Die Datenbank enthält 3 archäologische Proben aus Çatalhöyük. Drei Y-Chromosom-Haplogruppen wurden bestimmt: R-L20, J-Y29696 und J-L255. Bei den mitochondrialen Linien wurde nur eine Probe mit U3b2 nachgewiesen. Diese kleine Stichprobe erlaubt keine repräsentativen Aussagen über die gesamte Bevölkerung, ergänzt aber die publizierten Forschungsergebnisse.
Für Ahnenforscher zeigt sich: In Çatalhöyük war die mütterliche Verwandtschaft entscheidend für die Hausgemeinschaft. Die Y-DNA-Vielfalt deutet auf patrilokale oder wechselnde Residenzmuster hin. Die mt-DNA U3b2 verweist auf westeurasische Wurzeln.