High-coverage paleo-genome research identifies a pathogenic mutation on EXT1 in a Qing-period Chinese individual with multiple osteochondromas

Investigación de paleogenoma de alta cobertura identifica una mutación patogénica en EXT1 en un individuo chino del período Qing con osteocondromas múltiples

PRJCA069372 Artículo original / DOI2026-07-251 muestras (estudio)

Interpretación por IAGenerado por IA

Un genoma antiguo de la dinastía Qing confirma una mutación hereditaria rara.

Se analizó el ADN de un individuo de la dinastía Qing (Shandong, China) con sospecha de múltiples osteocondromas. Gracias a una secuenciación profunda de su hueso petroso, se halló una mutación patogénica en el gen EXT1. Este hallazgo confirma genéticamente el diagnóstico y conecta un caso histórico con un paciente moderno de Latinoamérica que comparte la misma variante.

Se identificó la mutación c.791T>C (p.Leu264Pro) en el gen EXT1, con una profundidad de secuenciación de 17×.
La misma mutación aparece en un paciente moderno no emparentado de Latinoamérica, ampliando el espectro de mutaciones conocidas.
El análisis estructural 3D predijo daño funcional en la proteína EXT1, apoyando su papel patogénico.

Interpretación de muestras

La muestra corresponde a un solo individuo de la dinastía Qing, con un genoma mitocondrial G1c y un linaje paterno O-TYT63912. Aunque el número es limitado, la alta cobertura (27.172×) permitió una identificación fiable de la variante. No se aportan datos de otras muestras del yacimiento, por lo que las conclusiones genéticas se basan en este único caso.

Para aficionados a la genealogía

Para los aficionados a la genética ancestral, este estudio muestra cómo el ADN antiguo puede diagnosticar enfermedades hereditarias y rastrear mutaciones a través del tiempo y la geografía, enriqueciendo el mapa genotipo-fenotipo de trastornos raros.

Resumen

Los osteocondromas múltiples (OM) son una enfermedad ósea rara con manifestaciones variables que dificultan su distinción de enfermedades fenotípicamente similares, tanto morfológica como radiológicamente. Como trastorno monogénico asociado a mutaciones en EXT1 o EXT2, el análisis de ADN antiguo puede proporcionar diagnósticos confirmados genéticamente y conocimientos sobre la patogénesis de casos sospechosos. Para investigar más a fondo un caso sospechoso de OM previamente reportado del período Qing en Shandong, China, generamos datos de secuenciación del exoma completo antiguo a partir del hueso petroso del individuo, obteniendo una cobertura media de secuenciación de 27,172×. Identificamos una mutación heterocigota patogénica en el subdominio Rossmann-2 del sitio de unión al ligando de EXT1 (c.791T > C; p.Leu264Pro) con una profundidad de secuenciación de 17×, una mutación también encontrada en un paciente moderno latinoamericano no relacionado. Además, mediante la predicción y el análisis de la estructura 3D de la proteína EXT1, detectamos daño estructural y funcional. Nuestros hallazgos amplían el espectro conocido de mutaciones en EXT1 y mejoran el mapa integral genotipo-fenotipo de los OM raros, proporcionando conocimientos sobre su patología genética desde una perspectiva histórica. Asimismo, esta investigación amplía la comprensión de los panoramas de enfermedades en el norte de China, tanto desde el punto de vista paleopatológico como paleogenético.

Muestras y datos en TheYtree

1muestras en el sitio

1haplogrupo Y resuelto

Haplogrupos paternos (Y-DNA)

Haplogrupo	Muestras
O-TYT63912	1

Haplogrupos maternos (mtDNA)

G1c · 1

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IC2613(HRR3435266)-清代	O-TYT63912	G1c	· 清代 Qing Dynasty