Yersinia pestis strains from Latvia show depletion of the pla virulence gene at the end of the second plague pandemic

Los estudios genómicos antiguos han identificado a Yersinia pestis (Y. pestis) como el agente causante de la segunda pandemia de peste (siglos XIV–XVIII) que comenzó con la Peste Negra (1347–1353). La mayoría de las cepas de Y. pestis investigadas de esta pandemia han sido aisladas de Europa occidental, y no se sabe mucho sobre la diversidad y microevolución de esta bacteria en los países de Europa oriental. En este estudio, investigamos restos humanos excavados en dos cementerios en Riga (Letonia). La evidencia histórica sugiere que los entierros fueron consecuencia de brotes de peste durante el siglo XVII. Se extrajo ADN de los dientes de 16 individuos y se sometió a secuenciación de escopeta. El análisis de los datos metagenómicos reveló la presencia de secuencias de Y. pestis en cuatro restos, confirmando que los individuos enterrados fueron víctimas de la peste. En dos muestras, la cobertura de ADN de Y. pestis fue suficiente para la reconstrucción del genoma. El análisis filogenético posterior mostró que las cepas de Riga caían dentro de la diversidad de los genomas post-Peste Negra ya conocidos. Curiosamente, los dos aislados letones no se agruparon juntos. Además, detectamos una caída en la cobertura de la región del plásmido pPCP1 que contiene el gen pla. Un análisis adicional indicó la presencia de dos plásmidos pPCP1, uno con y otro sin la región del gen pla, y solo un cromosoma bacteriano, lo que indica que la misma bacteria portaba dos plásmidos pPCP1 distintos. Además, encontramos el mismo patrón en la mayoría de las cepas post-Peste Negra publicadas previamente, pero no en las cepas de la Peste Negra. El gen pla es un factor de virulencia importante para la infección y transmisión en humanos. Por lo tanto, la propagación de cepas empobrecidas en pla puede haber contribuido, entre otras causas, a la desaparición de la segunda pandemia de peste en la Europa del siglo XVIII.