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High incidence of AZF duplications in clan-structured Iranian populations detected through Y chromosome sequencing read depth analysis

Alta incidencia de duplicaciones AZF en poblaciones iraníes con estructura de clan detectada mediante análisis de profundidad de lectura de secuenciación del cromosoma Y
PRJEB61684 Artículo original / DOI2023-07-2287 muestras (estudio)

Interpretación por IAGenerado por IA

Duplicaciones AZF del cromosoma Y son el doble de frecuentes en clanes iraníes que en 1000 Genomas.

El cromosoma Y tiene zonas repetidas donde el ADN puede recombinarse mal y duplicarse. Estas duplicaciones en la región AZFb/c se relacionan con infertilidad masculina. Usando secuenciación de nueva generación, se analizaron 87 iraníes de distintos grupos étnicos. La frecuencia de duplicaciones resultó el doble que en el proyecto 1000 Genomas. La mayoría apareció en poblaciones patrilineales, probablemente porque su menor tamaño efectivo masculino reduce la selección negativa. También se halló una duplicación de 8,0 Mb, la mayor descrita en esta región.

Interpretación de muestras

Se analizaron 87 individuos iraníes de diferentes etnias, todos con el cromosoma Y resuelto. Los haplogrupos más frecuentes fueron T-TY491558 (3), J-TY491553 (2), J-Y83029 (2), J-TY491551 (2) y N-Y37153 (2), seguidos de varios haplogrupos J, E y G con un solo individuo. La muestra es pequeña y sesgada hacia clanes patrilineales, lo que explica la alta tasa de duplicaciones observada.

Para aficionados a la genealogía

Para los aficionados a la genealogía genética, este estudio recuerda que las duplicaciones en el cromosoma Y también importan, no solo las deleciones. En poblaciones con estructura de clan patrilineal, la endogamia y el menor tamaño efectivo pueden aumentar la frecuencia de estas variantes, afectando la fertilidad y la interpretación de pruebas de ADN-Y.

Resumen

La región amplicónica del cromosoma Y humano consiste en grandes secuencias duplicadas que pueden sufrir recombinación homóloga no alélica (NAHR), lo que resulta en reordenamientos estructurales que pueden causar infertilidad, especialmente cuando ocurren en la región del factor de azoospermia b/c (AZFb/c). Aunque las duplicaciones de AZF han sido largamente desatendidas debido a las limitaciones técnicas de los estudios basados en STS que se centraban principalmente en las deleciones, las recientes tecnologías de secuenciación de nueva generación (NGS) han proporcionado evidencia de su importancia en la fertilidad. En este estudio, se utilizó un enfoque de profundidad de lectura de NGS para detectar reordenamientos de AZFb/c en 87 iraníes de diferentes grupos étnicos. La frecuencia de duplicación en Irán resultó ser el doble de alta que en el conjunto de datos "1000 Genomes". Curiosamente, la mayoría de las duplicaciones se encontraron en grupos étnicos patrilineales, posiblemente como consecuencia de su menor tamaño efectivo de población masculina, que puede contrarrestar la selección negativa. Además, encontramos una gran duplicación de 8,0 Mb, que resulta en un aumento de cuatro veces en el número de copias de los genes AZFc, lo que según nuestro conocimiento es la duplicación más grande jamás reportada en esta región. En general, nuestros resultados sugieren que es importante considerar no solo las deleciones de AZF sino también las duplicaciones para investigar las causas de la infertilidad masculina, especialmente en poblaciones patrilineales basadas en clanes.

Muestras y datos en TheYtree

87muestras en el sitio
87haplogrupo Y resuelto

Haplogrupos paternos (Y-DNA)

HaplogrupoMuestras
T-TY491558 3
J-TY491551 2
N-Y37153 2
J-TY491553 2
J-Y83029 2
L-Y155873 1
E-BY56372 1
R-FT161461 1
R-F3105 1
G-Y82519 1
T-Y125267 1
R-Y23493 1

Muestras destacadas Más muestras →

MuestraY-DNAmtDNACultura / Período
R083 J-TY491551 —
R013 R-Y65452 —
R068 R-SK2014 —
R018 R-FGC52936 —
R003 J-FT249691 —
R086 G-Z6764 —
R001 T-Y152024 —
R002 R-Z2110 —
R004 Q-FT387652 —
R005 J-Y144533 —