Genomic insights into the ancestry and mortality of a historical era population from Southwest China

Le plateau du Yun-Gui (Yunnan et Guizhou) du sud-ouest de la Chine a longtemps été caractérisé par une diversité ethnolinguistique de longue date, façonnée par une histoire démographique complexe. Bien que de nombreux groupes appartenant à des familles linguistiques distinctes aient habité la région au cours des siècles récents, la nature et l'étendue de leurs interactions restent mal comprises. Dans une grotte karstique naturelle située dans une zone multiethnique du sud du Guizhou, les archéologues ont mis au jour des restes squelettiques dispersés de plusieurs dizaines d'individus datés de la fin de la dynastie Yuan et du début de la dynastie Ming (575–685 cal BP). Les origines génétiques de ces individus et le contexte de leur mort étaient jusqu'alors inconnus. Ici, nous présentons une analyse de l'ADN ancien à l'échelle du génome de 22 individus retrouvés dans la grotte. Les résultats révèlent une population génétiquement remarquablement homogène, présentant un mélange d'ascendance ancienne d'Asie de l'Est septentrionale et méridionale, tout en montrant une différenciation génétique claire par rapport aux groupes voisins contemporains. Ce profil d'ascendance représente une composante génétique qui a contribué aux groupes ethnolinguistiques actuels du sud-ouest de la Chine. Les analyses de parenté génétique indiquent que le groupe comprenait plusieurs unités familiales et était dominé par des femmes. De plus, nous avons détecté de l'ADN authentique de Salmonella enterica (S. enterica) chez un individu, étayé par une forte similarité de séquence avec les génomes de référence des sérovars S. Choleraesuis et S. Paratyphi C, ainsi que par des schémas caractéristiques de dommages de l'ADN ancien. Aucun ADN pathogène similaire n'a été identifié chez les autres individus. En intégrant les preuves génomiques aux archives historiques, nous en déduisons que ces individus représentent très probablement une mortalité collective associée à un conflit plutôt qu'à une épidémie généralisée.