Lethal plague outbreaks in Lake Baikal hunter-gatherers 5,500 years ago

La peste est l’une des maladies les plus dévastatrices de l’histoire humaine1. Cependant, les premières souches de la bactérie responsable de la peste, Yersinia pestis, étaient dépourvues des facteurs de virulence nécessaires à la forme bubonique jusqu’à environ 3 800 ans avant notre ère2,3. Par conséquent, la morbidité et la mortalité des souches anciennes de peste restent incertaines. Nous décrivons ici des souches anciennes de peste associées à deux phases de flambées épidémiques parmi des chasseurs-cueilleurs du milieu de l’Holocène près du lac Baïkal, dans le sud-est de la Sibérie, à partir d’environ 5 500 ans avant notre ère. Ces flambées se produisent dans quatre cimetières de chasseurs-cueilleurs, avec un taux de détection de l’infection pesteuse de 39 %. En reconstruisant des pedigrees de parenté, nous montrons que de petits groupes familiaux étaient touchés, ce qui est compatible avec une transmission interhumaine de la maladie, et que la première flambée s’est produite en l’espace d’une seule génération. Les infections semblent avoir entraîné une mortalité aiguë, en particulier chez les enfants (âgés de 8 à 11 ans). Nous notons en outre des différences fonctionnelles, notamment au locus du superantigène ypm, également présent chez Yersinia pseudotuberculosis actuelle. Les nouvelles souches divergent ancestralement des Y. pestis connues et contraignent la datation de son émergence, indiquant que celle-ci s’est produite avant environ 5 700 ans avant notre ère. Ces résultats montrent que des flambées de peste se sont produites plus tôt qu’on ne le pensait auparavant et qu’elles étaient effectivement létales. Nous soutenons que l’apparition de flambées parmi des communautés de chasseurs-cueilleurs du milieu de l’Holocène bien en dehors de la sphère de l’Europe du Néolithique tardif remet en question l’idée selon laquelle des densités de population plus élevées et des changements de mode de vie durant la transition agricole néolithique étaient des conditions préalables aux épidémies de peste.