Interprétation par IAGénéré par IA
Des génomes de peste de Riga révèlent la perte du gène pla à la fin de la deuxième pandémie.
Des chercheurs ont analysé l'ADN ancien de 16 individus enterrés à Riga (Lettonie) au XVIIe siècle. Quatre étaient infectés par Yersinia pestis, et deux génomes ont été reconstruits. Ces souches appartiennent à la diversité post-Peste noire, mais ne sont pas groupées. Fait marquant : elles portent deux plasmides pPCP1, l'un avec le gène pla, l'autre sans. Ce même schéma existe chez la plupart des souches post-Peste noire, mais pas chez celles de la Peste noire.
- Quatre individus de Riga étaient porteurs de Yersinia pestis, confirmant des épidémies de peste au XVIIe siècle.
- Les deux génomes lettons ne sont pas groupés et s'intègrent dans la diversité des souches post-Peste noire.
- Les souches de Riga possèdent deux plasmides pPCP1 : un avec le gène pla et un sans, un schéma fréquent après la Peste noire.
Interprétation des échantillons
Parmi 16 individus testés, 4 ont livré de l'ADN de Y. pestis et 2 ont permis une reconstruction génomique. L'ADN mitochondrial montre surtout des lignées U5 (U5b1b1f, U5a2a1, U5a1b1h) et H (H24b, H11b1, H11a1), typiques de l'Europe. Les lignées paternelles, résolues pour 5 individus, incluent N-Y15922, T-L446, R-L51 et R-L23. Ces résultats suggèrent une population locale diversifiée, sans lien direct avec l'origine des souches de peste.
Pour les passionnés de généalogie
Pour les passionnés de généalogie génétique, cette étude montre que la peste n'a pas épargné les populations baltes et que les souches circulantes perdaient peu à peu un gène de virulence clé. Elle rappelle aussi que l'ADN pathogène peut être détecté dans les restes humains, enrichissant notre compréhension des épidémies passées.
Résumé
Des études génomiques anciennes ont identifié Yersinia pestis (Y. pestis) comme l'agent causal de la deuxième pandémie de peste (XIVe–XVIIIe siècle) qui a débuté avec la Peste noire (1 347–1 353). La plupart des souches de Y. pestis étudiées lors de cette pandémie ont été isolées en Europe occidentale, et la diversité et la microévolution de cette bactérie dans les pays d'Europe orientale sont peu connues. Dans cette étude, nous avons examiné des restes humains exhumés de deux cimetières à Riga (Lettonie). Les preuves historiques suggèrent que les sépultures étaient une conséquence des épidémies de peste au cours du XVIIe siècle. L'ADN a été extrait des dents de 16 individus et soumis au séquençage shotgun. L'analyse des données métagénomiques a révélé la présence de séquences de Y. pestis dans quatre restes, confirmant que les individus inhumés étaient des victimes de la peste. Dans deux échantillons, la couverture de l'ADN de Y. pestis était suffisante pour la reconstruction du génome. L'analyse phylogénétique subséquente a montré que les souches de Riga se situaient dans la diversité des génomes post-Peste noire déjà connus. Fait intéressant, les deux isolats lettons ne se regroupaient pas ensemble. De plus, nous avons détecté une chute de la couverture de la région du plasmide pPCP1 contenant le gène pla. Une analyse plus approfondie a indiqué la présence de deux plasmides pPCP1, l'un avec et l'autre sans la région du gène pla, et d'un seul chromosome bactérien, indiquant que la même bactérie portait deux plasmides pPCP1 distincts. En outre, nous avons trouvé le même schéma dans la majorité des souches post-Peste noire publiées précédemment, mais pas dans les souches de la Peste noire. Le gène pla est un facteur de virulence important pour l'infection et la transmission chez l'homme. Ainsi, la propagation de souches dépourvues de pla peut, entre autres causes, avoir contribué à la disparition de la deuxième pandémie de peste en Europe au XVIIIe siècle.