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From bones to sediments: ancient human DNA from open-air archaeological sites

Des ossements aux sédiments : l'ADN humain ancien des sites archéologiques de plein air
PRJEB87497 Article original / DOI2026-03-024 échantillons (étude)

Interprétation par IAGénéré par IA

L'ADN ancien des sédiments révèle des lignées maternelles sur des sites archéologiques de plein air.

Cette étude explore si l'ADN humain peut être récupéré dans des sédiments de sites de plein air, souvent pauvres en ossements. Cinq sédiments de Katsuren (Okinawa, XIIe-XIIIe s.) et onze d'Oshima 2 (Hokkaido, XIe-XIIe s.) ont été analysés par séquençage massif et capture de l'ADN mitochondrial. Les résultats montrent qu'il est possible d'identifier des haplogroupes maternels à partir de sédiments, même en l'absence de squelettes bien conservés.

Interprétation des échantillons

Quatre échantillons de sédiments ont livré des haplogroupes mitochondriaux : deux fois M7a1b1, une fois D4a1 et une fois D4j. Aucun haplogroupe du chromosome Y n'a été résolu, ce qui reflète la difficulté d'obtenir de l'ADN nucléaire à partir de sédiments. Les sites concernés sont Katsuren (Okinawa) et Oshima 2 (Hokkaido), couvrant les périodes Gusuku et Satsumon.

Pour les passionnés de généalogie

Pour les passionnés de généalogie génétique, cette étude ouvre la voie à l'analyse de sites sans ossements exploitables. Elle montre que les sédiments peuvent conserver des signatures maternelles, utiles pour retracer les migrations et la diversité des populations anciennes du Japon.

Résumé

Cinq échantillons de sédiments ont été prélevés sur un site d'inhumation, le château de Katsuren, situé à Okinawa, qui date du milieu du XIIe au début du XIIIe siècle pendant la période Gusuku (Figure 1). Ici, deux sépultures contenant des restes squelettiques ont été trouvées sous le mur du château. Un échantillon de sédiment provenant de l'intérieur du crâne a été prélevé dans la fosse 138. Dans la fosse 178, quatre échantillons de sédiments ont été obtenus : un de l'intérieur du crâne, un des sédiments autour des os du bassin, un des sédiments autour des côtes et un d'une zone à l'extérieur de la fosse (Figure 1, Tableau S1). De plus, une côte a été prélevée sur chaque individu pour comparer avec les résultats obtenus à partir des sédiments. Le deuxième site est un site d'habitation connu sous le nom d'Oshima 2, qui date du XIe au XIIe siècle pendant la période Satsumon et est situé à Hokkaido (Figure 1). Nous avons collecté onze échantillons de sédiments provenant de différents contextes au sein du site (Figure S1, Tableau S2). L'ADN a été extrait de tous les échantillons et séquencé à l'aide des plateformes Illumina NovaSeq et iSeq (voir Méthodes). Nous avons réalisé une combinaison de séquençage shotgun (entre 12447839 et 85971229 nombre de lectures) et d'enrichissement par capture ciblée pour l'ADNmt humain (entre 70064 et 2174014 nombre de lectures) afin d'étudier la faisabilité de déterminer les haplogroupes d'ADNmt humain à partir d'échantillons de sédiments dans des sites archéologiques de plein air.

Échantillons et données sur TheYtree

4échantillons sur le site
0haplogroupe Y déterminé

Haplogroupes maternels (ADNmt)

M7a1b1 · 2D4a1 · 1D4j · 1