Evolution of immune genes is associated with the Black Death

Les maladies infectieuses figurent parmi les pressions sélectives les plus fortes qui ont façonné l’évolution humaine1,2. Cela inclut l’événement de mortalité le plus important jamais enregistré, la première flambée de la deuxième pandémie de peste, communément appelée peste noire, causée par la bactérie Yersinia pestis3. Cette pandémie a dévasté l’Afro-Eurasie, tuant jusqu’à 30 à 50 % de la population4. Afin d’identifier les locus qui ont pu être soumis à sélection pendant la peste noire, nous avons caractérisé la variation génétique autour de gènes liés à l’immunité à partir de 206 extraits d’ADN ancien, provenant de deux populations européennes différentes avant, pendant et après la peste noire. Les locus immunitaires sont fortement enrichis en sites hautement différenciés par rapport à un ensemble de locus non immunitaires, ce qui suggère une sélection positive. Nous identifions 201 variants fortement différenciés dans le jeu de données de Londres. En combinant les preuves provenant de la période de la peste noire, de notre population répliquée au Danemark et des données fonctionnelles, rs2549794 près de ERAP2 apparaît comme le candidat le plus fort pour une sélection positive. L’allèle sélectionné à rs2549794 est associé à la production d’un transcrit ERAP2 de pleine longueur (par opposition à tronqué), à une variation de la réponse des cytokines à Y. pestis et à une capacité accrue à contrôler Y. pestis intracellulaire dans les macrophages. Enfin, nous montrons que les variants protecteurs chevauchent des allèles aujourd’hui associés à une susceptibilité accrue aux maladies auto-immunes, ce qui fournit des preuves empiriques du rôle joué par les pandémies passées dans le façonnement de la susceptibilité actuelle aux maladies.