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From bones to sediments: ancient human DNA from open-air archaeological sites

Dalle ossa ai sedimenti: DNA umano antico da siti archeologici all'aperto
PRJEB87497 Articolo originale / DOI2026-03-024 campioni (studio)

Interpretazione IAGenerato da IA

DNA antico da sedimenti di siti all'aperto: si può estrarre mtDNA umano.

Lo studio esplora se il DNA umano antico possa essere recuperato non solo dalle ossa, ma anche dai sedimenti di siti archeologici all'aperto. Sono stati analizzati campioni da due siti giapponesi: il castello di Katsuren (Okinawa, XII-XIII secolo) e il sito di Oshima 2 (Hokkaido, XI-XII secolo). Combinando sequenziamento shotgun e cattura mirata del mtDNA, i ricercatori hanno verificato la fattibilità di determinare gli aplotipi mitocondriali dai sedimenti.

Interpretazione dei campioni

Nei campioni di sedimenti analizzati, il sito di Katsuren (Okinawa) ha fornito due individui con aplotipo M7a1b1, uno con D4a1 e uno con D4j. Il sito di Oshima 2 (Hokkaido) non ha prodotto aplotipi Y risolti. I dati mostrano una diversità mitocondriale compatibile con popolazioni giapponesi antiche, ma il numero limitato di campioni non permette generalizzazioni.

Per gli appassionati di genealogia

Per gli appassionati di genealogia, questo studio apre la possibilità di recuperare informazioni sul mtDNA anche da sedimenti, non solo da resti scheletrici. Tuttavia, la risoluzione è ancora bassa e i risultati vanno interpretati con cautela.

Riassunto

Cinque campioni di sedimento sono stati raccolti in un sito di sepoltura, il castello di Katsuren, situato a Okinawa, risalente alla metà del XII – inizio XIII secolo durante il periodo Gusuku (Figura 1). Qui, due sepolture con resti scheletrici sono state trovate sotto il muro del castello. Un campione di sedimento dall'interno del cranio è stato prelevato dalla Fossa 138. Dalla Fossa 178, sono stati ottenuti quattro campioni di sedimento: uno dall'interno del cranio, uno dal sedimento attorno alle ossa del bacino, uno dal sedimento attorno alle ossa delle costole e uno da un'area esterna alla fossa (Figura 1, Tabella S1). Inoltre, è stata prelevata una costola da ciascun individuo per confrontarla con i risultati ottenuti dai sedimenti. Il secondo sito è un sito abitativo noto come Oshima 2, risalente all'XI-XII secolo durante il periodo Satsumon e situato in Hokkaido (Figura 1). Abbiamo raccolto undici campioni di sedimento da diversi contesti all'interno del sito (Figura S1, Tabella S2). Il DNA è stato estratto da tutti i campioni e sequenziato utilizzando le piattaforme Illumina NovaSeq e iSeq (vedere Metodi). Abbiamo eseguito una combinazione di sequenziamento shotgun (tra 12447839 e 85971229 numero di reads) e arricchimento mirato per il mtDNA umano (tra 70064 e 2174014 numero di reads) per indagare la fattibilità di determinare gli aplotipi del mtDNA umano da campioni di sedimento in siti archeologici all'aperto.

Campioni e dati su TheYtree

4campioni sul sito
0aplogruppo Y determinato

Aplogruppi materni (mtDNA)