Yersinia pestis strains from Latvia show depletion of the pla virulence gene at the end of the second plague pandemic

古代ゲノム研究により、Yersinia pestis（Y. pestis）が、黒死病（1347～1353年）に始まる第二次ペストパンデミック（14～18世紀）の原因菌であることが特定されている。このパンデミックに関して調査されたY. pestis株のほとんどは西ヨーロッパから分離されており、東ヨーロッパ諸国におけるこの細菌の多様性と微進化についてはあまり知られていない。本研究では、ラトビアのリガにある2つの墓地から発掘された人骨を調査した。歴史的証拠は、これらの埋葬が17世紀のペスト流行の結果であったことを示唆している。16人の歯からDNAを抽出し、ショットガンシーケンシングに供した。メタゲノムデータの解析により、4体の遺骸からY. pestis配列の存在が明らかになり、埋葬された個人がペストの犠牲者であったことが確認された。2つのサンプルでは、Y. pestis DNAのカバレッジがゲノム再構築に十分であった。その後の系統解析により、リガ株は既知の黒死病後ゲノムの多様性の中に位置することが示された。興味深いことに、2つのラトビア分離株は互いにクラスターを形成しなかった。さらに、pla遺伝子を含むpPCP1プラスミド領域のカバレッジ低下を検出した。さらなる解析により、pla遺伝子領域を持つものと持たないものの2つのpPCP1プラスミドの存在、および細菌染色体は1つのみであることが示され、同一の細菌が2つの異なるpPCP1プラスミドを保有していたことが示唆された。加えて、同様のパターンを、以前に公表された黒死病後株の大多数にも見出したが、黒死病株には見出さなかった。pla遺伝子は、ヒトへの感染と伝播における重要な病原性因子である。したがって、pla欠損株の拡散は、他の原因の中でも特に、18世紀ヨーロッパにおける第二次ペストパンデミックの消滅に寄与した可能性がある。