From bones to sediments: ancient human DNA from open-air archaeological sites

다섯 개의 퇴적물 시료가 오키나와에 위치한 구스쿠 시대, 즉 12세기 중반에서 13세기 초로 연대가 추정되는 가쓰렌 성의 매장 유적에서 채취되었다(그림 1). 이곳에서는 성벽 아래에서 유해가 있는 두 개의 매장이 발견되었다. 구덩이 138에서는 두개골 내부에서 채취한 퇴적물 시료 하나가 수집되었다. 구덩이 178에서는 네 개의 퇴적물 시료를 얻었다: 두개골 내부에서 하나, 골반뼈 주변 퇴적물에서 하나, 갈비뼈 주변 퇴적물에서 하나, 그리고 구덩이 외부 지역에서 하나(그림 1, 표 S1). 추가로, 각 개체에서 갈비뼈 하나씩을 채취하여 퇴적물에서 얻은 결과와 비교하였다. 두 번째 유적은 사쓰몬 시대, 즉 11세기에서 12세기로 연대가 추정되는 오시마 2로 알려진 주거 유적으로, 홋카이도에 위치한다(그림 1). 우리는 유적 내 서로 다른 맥락에서 열한 개의 퇴적물 시료를 채취하였다(그림 S1, 표 S2). 모든 시료에서 DNA를 추출하고 Illumina NovaSeq 및 iSeq 플랫폼을 사용하여 시퀀싱하였다(방법 참조). 우리는 야외 고고학 유적의 퇴적물 시료로부터 인간 미토콘드리아 DNA 하플로그룹을 결정하는 것이 가능한지 조사하기 위해 샷건 시퀀싱(리드 수 12447839에서 85971229 사이)과 인간 미토콘드리아 DNA를 위한 표적 포획 농축(리드 수 70064에서 2174014 사이)을 조합하여 수행하였다.