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High-Coverage Jomon Genomes Provide Insights into Population Structure and Genetic Traits of Ancient Japanese Hunter-Gatherers

高覆盖率的绳文时代基因组为了解古代日本狩猎采集者的人口结构和遗传特征提供了重要线索
PRJDB39740 原始论文 / DOI2025-12-166 样本(研究)

AI 解读AI 生成

高覆盖率绳文基因组揭示:日本本土人群绳文血统约20%,远超此前估计。

这项研究分析了日本列岛9000至2800年前的8个高覆盖率绳文基因组。虽然绳文人群在时空上高度同质,但早期绳文(伊屋)个体构成最早分支,与现代日本人亲缘较弱。通过渡渡木和千鸟洼遗址的基因组,研究者估算现代日本本土人群的绳文血统约占20%,比之前认为的13%高不少。多基因评分还显示,绳文人有较高BMI、代谢和心脏尺寸相关评分,免疫评分较低,这些狩猎采集适应特征至今仍影响日本人的疾病风险。

样本解读

站内样本统计显示,3个样本均来自早期绳文文化,父系单倍群全部属于D系(D-Z1513、D-CTS4292、D-CTS220各1例),母系以N9b为主(N9b2例、N9b3一例)。这些样本来自同一遗址编号DRR893171,样本量虽小,但Y和mtDNA多样性初步反映了绳文人群的母系特征和父系D系背景,与论文中早期绳文分支的遗传位置相呼应。

对祖源爱好者的意义

对祖源爱好者来说,这项研究把日本人的绳文成分从约13%上调到约20%,意味着更多现代日本人携带绳文祖先的遗传贡献。同时,绳文相关的代谢和心脏特征提示,古代狩猎采集适应仍在影响今天的健康风险,值得在解读个人祖源时留意。

摘要

我们分析了日本列岛9000至2800年前的八个高覆盖率绳文时代基因组。群体基因组分析揭示了跨越时间和空间的显著遗传同质性,反映了冰后期隔离,但同时也出现了时间上的分层:早期绳文时代(伊屋)个体构成了最早的分支,与现代日本人的亲缘关系较弱。利用来自渡渡木和千鸟洼遗址的基因组,我们估计日本本土人群中绳文血统的比例约为20%,远高于之前的估计值(约13%)。基于对绳文时代基因组的直接分析,多基因评分分析提供了其表型易感性的遗传证据,包括较高的BMI和代谢特征评分、较低的免疫相关评分以及较大的心脏尺寸,这些模式与狩猎采集者的适应性相符。这些祖先遗传影响,包括较高的肥胖和血脂异常风险,仍然存在于现代日本人中。我们的研究结果表明,绳文时代人群尽管生态多样性丰富,但仍保持了遗传连续性;他们对现代日本人的贡献超出预期,重塑了人口历史模型,并揭示了古代适应如何继续影响当代疾病易感性。

TheYtree 上的样本与数据

3站内样本
3Y 单倍群已解析
1考古遗址

样本地图

地图瓦片由 TheYtree 提供 · 圆点大小 = 样本数

父系(Y-DNA)单倍群

单倍群现代人
D-Z1513 1
D-CTS4292 1
D-CTS220 1

母系(mtDNA)单倍群

样本亮点 更多样本 →

样本Y-DNAmtDNA文化 / 时期
Iyai4 D-CTS220 N9b3 Initial Jomon· 7341 ± 35 cal BP
Iyai15 D-CTS4292 N9b Initial Jomon· 7438 ± 23 cal BP
Iyai18 D-Z1513 N9b Initial Jomon· 7544 ± 26 cal BP