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Genetic Evidence of Yersinia pestis from the First Pandemic

第一次鼠疫大流行中鼠疫耶尔森菌的遗传证据
PRJNA1303691 原始论文 / DOI2025-07-3112 样本(研究)

AI 解读AI 生成

约旦杰拉什万人坑首次发现查士丁尼瘟疫的鼠疫菌基因组。

公元541年查士丁尼瘟疫开启第一次鼠疫大流行,但东地中海一直缺乏病原体基因证据。这项研究从约旦杰拉什一处6-7世纪万人坑中,用蛋白质组学筛查、古DNA提取和全基因组测序,成功从5个个体中获取鼠疫耶尔森菌DNA。基因组高度相似,都落在第一次大流行谱系内,且首次出现在接近疫情历史中心的位置。

样本解读

站内该遗址共收录12例样本,父系Y染色体成功解析11例,全部属于单倍群R及其下游支系,包括R-L754、R-FGC46209、R-S8183、R-M269、R-P297、R-L2、R-FGC46820等。母系仅1例记录为N/A,暂无可分析数据。整体父系多样性集中在R支系内,但样本量有限,不宜过度解读群体结构。

对祖源爱好者的意义

对祖源爱好者来说,这项研究把古DNA证据从病原体延伸到具体人群:杰拉什万人坑的个体携带鼠疫菌,其父系又集中在R支系。它提醒我们,历史大流行曾真实影响特定人群,而古DNA能同时追踪病原与人的迁徙。

摘要

查士丁尼瘟疫标志着第一次鼠疫大流行(公元541-750年)的开始,然而此前从未在东地中海地区(鼠疫疫情最早记录的地区)发现过鼠疫耶尔森菌的基因组证据。本研究旨在确定约旦杰拉什一处公元6世纪中期至7世纪早期的万人坑中是否存在鼠疫耶尔森菌,并将其基因组置于第一次鼠疫大流行菌株的更广泛背景下进行分析。方法:我们分析了从杰拉什万人坑中发现的多个个体的样本。首先使用蛋白质组学对潜在病原体的存在进行初步筛查。然后对部分样本进行古DNA提取和全基因组测序。最后,我们进行了比较基因组学和系统发育分析,以评估菌株的鉴定和进化位置。结果:基因组测序从五个个体中分离出了鼠疫耶尔森菌DNA,结果显示其基因组高度相似。所有菌株均与其他第一次鼠疫大流行谱系紧密聚类,但值得注意的是,这是首次在地理位置上接近鼠疫大流行历史中心的地区发现鼠疫耶尔森菌。不同个体间近乎相同的基因组表明,此次疫情爆发时,可能存在单一的流行谱系。结论:本研究首次提供了鼠疫耶尔森菌在第一次鼠疫大流行期间于东地中海地区存在的基因组证据,将考古发现与查士丁尼瘟疫起源地附近的病原体基因组学联系起来。总结句:基因组证据将鼠疫耶尔森菌与古代城市的第一次鼠疫大流行联系起来。

TheYtree 上的样本与数据

12站内样本
11Y 单倍群已解析

父系(Y-DNA)单倍群

单倍群现代人
R-L754 2
R 2
R1 1
R-FGC46209 1
R-S8183 1
R-M269 1
R-P297 1
R-L2 1
R-FGC46820 1

母系(mtDNA)单倍群

样本亮点 更多样本 →

样本Y-DNAmtDNA文化 / 时期
N1_S1 R-P297 — · early 7th century
N2_S2 R-S8183 — · early 7th century
N3_S3 R — · early 7th century
N4_S4 R — · early 7th century
N6_S2 R1 — · early 7th century
N7_S3 R-L754 — · early 7th century
N8_S4 R-FGC46820 — · early 7th century
Sample_1 R-L2 — · early 7th century
Sample_2 R-L754 — · early 7th century
Sample_3 R-M269 — · early 7th century