Comparison of Illumina NovaSeq 6000, GeneMind SURFSeq 5000, Salus Evo, and MGI DNBSEQ-G400 for Ancient DNA Whole-Genome Sequencing

背景：古DNA（aDNA）研究是受新一代测序（NGS）技术发展变革的生物学领域之一。迄今为止，Illumina测序在aDNA研究中占据主导地位。然而，其高昂的成本正推动着其他测序平台的应用。整合不同平台产生的数据可能会引入由平台特异性误差引起的假象。本研究使用相同的六个样本和文库，系统地比较了四种测序平台（Illumina NovaSeq 6000、GeneMind SURFSeq 5000、Salus Evo和MGI DNBSEQ-G400）在全基因组aDNA测序中的性能。方法：从法纳戈里亚·波利斯遗址（Phanagoria polis）提取的六个人类aDNA样本中构建了单链文库，分别采用酶促损伤修复和不进行酶促损伤修复两种方法，并在所有四种平台上进行测序。将数据进行亚采样，使每个文库的读取数相等，比对到人类参考基因组，并使用标准的NGS质量指标进行比较。为了评估潜在的平台特异性偏差，我们进行了群体遗传学分析，包括主成分分析 (PCA) 和 ADMIXTURE 分析。结果：所有平台均产生了质量可接受的原始测序数据。在标准 NGS 指标方面，各平台之间仅观察到细微差异。与 Illumina 和类 Illumina 平台相比，MGI 平台的测序片段长度更长。死后损伤模式，特别是 C>T 替换，在所有平台上高度一致。PCA 和 ADMIXTURE 分析未发现平台特异性偏差的证据：所有平台的结果紧密聚集在一起，平台选择对祖源成分估计没有显著影响。结论：我们的研究结果表明，GeneMind、Salus 和 MGI 测序平台在古基因组学研究中与 Illumina 平台具有可比性。此外，在这些平台上生成的 aDNA 数据集可以合并用于下游分析，而不会引入可检测到的偏差。然而，在 MGI 平台上观察到的片段大小偏移提示我们在处理高度降解或内源性含量低的样本时需要谨慎并进行调整。