ИИ-интерпретацияСгенерировано ИИ
Древняя ДНК из Риги подтверждает чуму XVII века и показывает потерю гена вирулентности pla.
Учёные изучили зубы 16 человек из двух кладбищ в Риге (Латвия), связанных со вспышками чумы XVII века. В четырёх образцах нашли ДНК чумной палочки Yersinia pestis, а в двух удалось собрать полные геномы. Оказалось, что эти штаммы относятся к известному разнообразию пост-Чёрной смерти, но не группируются вместе. Главное открытие: у них отсутствует участок плазмиды pPCP1 с геном pla, важным для заражения человека. Такой же паттерн найден в большинстве других пост-Чёрной смерти штаммов, но не в штаммах Чёрной смерти.
- ДНК Yersinia pestis обнаружена в 4 из 16 захоронений, подтверждая чуму в Риге XVII века.
- Два латвийских генома не кластеризуются вместе, что говорит о разном происхождении штаммов.
- У пост-Чёрной смерти штаммов часто отсутствует ген pla в плазмиде pPCP1, а у штаммов Чёрной смерти он есть.
Интерпретация образцов
Из 16 образцов удалось определить Y-гаплогруппы только у 5 человек: N-Y15922 (2), R-L23, T-L446 и R-L51. Митохондриальные гаплогруппы распределились так: U5a2a1 (2), U5b1b1f (2), U5b1b1a1a, H1c22, H10g и H1b. Это типично для населения Северо-Восточной Европы, но выборка слишком мала для широких выводов о связи генетики человека с чумой.
Для любителей генеалогии
Для любителей древней ДНК это напоминание: чума не исчезла сама — возможно, штаммы потеряли ген pla и стали менее опасными. Анализ Y- и мтДНК из Риги добавляет штрих к картине Восточной Европы, но требует осторожности из-за малого числа образцов.
Аннотация
Древние геномные исследования идентифицировали Yersinia pestis (Y. pestis) как возбудителя второй пандемии чумы (четырнадцатый–восемнадцатый века), которая началась с Черной смерти (1,347–1,353). Большинство штаммов Y. pestis, исследованных в связи с этой пандемией, были выделены в Западной Европе, и о разнообразии и микроэволюции этой бактерии в странах Восточной Европы известно немного. В этом исследовании мы изучали человеческие останки, раскопанные на двух кладбищах в Риге (Латвия). Исторические данные свидетельствуют о том, что эти захоронения стали следствием вспышек чумы в течение семнадцатого века. ДНК была экстрагирована из зубов 16 individuals и подвергнута дробному секвенированию. Анализ метагеномных данных выявил наличие последовательностей Y. pestis в четырех останках, что подтверждает, что захороненные individuals были жертвами чумы. В двух образцах покрытие ДНК Y. pestis было достаточным для реконструкции генома. Последующий филогенетический анализ показал, что рижские штаммы попадали в пределы разнообразия уже известных геномов пост-Черной смерти. Интересно, что два латвийских изолята не кластеризовались вместе. Более того, мы обнаружили падение покрытия области плазмиды pPCP1, содержащей ген pla. Дальнейший анализ указал на наличие двух плазмид pPCP1, одной с областью гена pla и одной без нее, и только одной бактериальной хромосомы, что указывает на то, что одна и та же бактерия несла две различные плазмиды pPCP1. Кроме того, мы обнаружили ту же картину в большинстве ранее опубликованных штаммов пост-Черной смерти, но не в штаммах Черной смерти. Ген pla является важным фактором вирулентности для инфекции и передачи среди людей. Таким образом, распространение штаммов с истощенным pla могло, среди прочих причин, способствовать исчезновению второй пандемии чумы в Европе восемнадцатого века.