祖源树 Авторизоваться Научный Древние ДНК-документы

Evolutionary history and recurrent host adaptation in ancient Salmonella enterica

Эволюционная история и повторяющаяся адаптация к хозяевам у древней Salmonella enterica
PRJEB97698 Оригинальная статья / DOI2025-09-2054 образцов (исследование)

ИИ-интерпретацияСгенерировано ИИ

Древняя ДНК сальмонеллы раскрывает 4800 лет эволюции и адаптации к человеку.

Учёные секвенировали 53 древних генома Salmonella enterica из Евразии (3500 г. до н.э. – 1300 г. н.э.). Оказалось, что древние штаммы принадлежат вымершим линиям, а современный редкий серовар Paratyphi C когда-то был широко распространён. Бактерия постепенно приспосабливалась к человеку, что совпало с развитием животноводства.

Интерпретация образцов

В анализ вошли 54 образца, из них 38 с разрешённой Y-гаплогруппой. Большинство — из железного века (10) и бронзового века (4). Преобладают Y-линии R-M269 (14 образцов) и R-L51 (3). Митохондриальные линии разнообразны: T1a1 (3), J1c, K1b1a1, U2e1, H (по 2). Наибольшее число образцов с сайтов KNC181 (7) и KNL026 (4).

Для любителей генеалогии

Для любителей древней ДНК это показывает, как бактериальные патогены мигрировали вместе с людьми и менялись под влиянием образа жизни. Данные подтверждают, что инфекции были неотъемлемой частью древних популяций Евразии.

Аннотация

Salmonella enterica subsp. enterica — чрезвычайно разнообразный бактериальный патоген, вызывающий частые инфекции и пищевые заболевания среди человеческих популяций. Описано более 1500 различных бактериальных штаммов (сероваров), многие из которых имеют широкий круг хозяев. Небольшое число сероваров адаптировано к инфицированию специфических хозяев: из них серовары Typhi и Paratyphi A, B и C вызывают системные инфекции, специфичные для приматов (брюшной тиф и паратифозная лихорадка). Хотя Paratyphi C сегодня является одним из самых редких человеко-специфичных сероваров, когда-то он был широко распространён, и все опубликованные на сегодняшний день древние геномы Salmonella принадлежат или являются предковыми для этой линии. Здесь мы представляем 53 новых древних генома Salmonella, охватывающих Евразию и датируемых периодом между 3500 г. до н. э. и 1300 г. н. э. Этот богатый геномный набор данных позволяет нам реконструировать эволюционную историю данного патогена с беспрецедентной детализацией. Мы идентифицируем множество вымерших доисторических линий, вызывавших инфекции на территории всей Евразии. Наблюдаются множественные события замещения линий на протяжении доисторического и исторического времени, и байесовский филогенетический анализ используется для датировки и идентификации событий адаптации к хозяину в пределах этой линии. Мы обнаруживаем, что адаптированные к хозяину сублинии Paratyphi C, Choleraesuis и Typhisuis продолжали эволюционировать в направлении хозяйской специфичности независимо друг от друга. Мы реконструируем сигналы конвергентной адаптации к хозяину в изученных линиях и других адаптированных к хозяину штаммах путём анализа общих псевдогенов и повторяющихся событий приобретения и потери генов. Этот анализ демонстрирует роль взаимодействий с хозяином как особой мишени отбора, подчёркивая постепенную адаптацию этой линии S. enterica к человеку, которая совпадает с интенсификацией животноводства в скотоводческих и оседлых земледельческих обществах.

Образцы и данные на TheYtree

54образцов на сайте
38Y-гаплогруппа определена
36археологических памятников

Карта образцов

Тайлы карты от TheYtree · размер точки = число образцов

Отцовские (Y-ДНК) гаплогруппы

ГаплогруппаОбразцы
R-M269 14
R-L51 3
R-PF6162 2
R-L20 2
R-L2 2
R-YP1506 1
R-PH1909 1
R-Z2110 1
R-BY33008 1
R-FT410399 1
R-CTS7275 1
R-FT325697 1

Материнские (мтДНК) гаплогруппы

Избранные образцы Больше образцов →

ОбразецY-DNAmtDNAКультура / период
BOY008 R-BY33008 — Yamnaya / Bronze Age· 2899-2697 BCE
SAP004 R-M269 H87 Late Bronze Age· 1409-1236 BCE
BRC018 R-M269 U5a1d1 Early Medieval· 414-537 CE
AKY001 R-YP1506 T1a1 · 1686-1538 BCE
BPN005 R-BY3578 H1j7 Prototalaiotic / Iron Age· 906-813 BCE
CHB002 R-M269 A · 725-404 BCE
CPA002 R-L20 HV6 Tasmola / Early Iron Age· 796-567 BCE
FSM027 I-S2606 V18a Medieval· 500-1500 CE
GRY001 R-CTS7275 T1a1 Bronze Age· 1613-1507 BCE
GRY004 R-PF6162 U5b2a2 Bronze Age· 1613-1510 BCE