ИИ-интерпретацияСгенерировано ИИ
Сравнение четырёх секвенаторов для древней ДНК: все пригодны, но у MGI есть нюанс.
Учёные проверили, можно ли использовать для древней ДНК не только Illumina, но и три других секвенатора. Они взяли шесть древних образцов из Фанагории, сделали одинаковые библиотеки и прогнали на всех четырёх платформах. Качество данных оказалось сопоставимым. Единственное отличие: MGI выдаёт более длинные фрагменты. Это важно учитывать, если ДНК сильно разрушена.
- Все четыре платформы дают приемлемое качество данных для палеогеномики.
- Повреждения древней ДНК (замены C>T) одинаковы на всех платформах.
- Анализы PCA и ADMIXTURE не выявили искажений родства из-за платформы.
- MGI показывает сдвиг в сторону более длинных фрагментов по сравнению с Illumina.
Интерпретация образцов
В статье использовано шесть древних образцов из Фанагории. В базе сайта представлены четыре образца с разрешёнными Y-гаплогруппами: G-Z44222, C-FT155548, J-BY69547 и G-BY109806. Митохондриальные линии: U1a1a1a, B4b1a3a, U3b3 и U2e2a1. Это указывает на разнообразие населения античного города.
Для любителей генеалогии
Для любителей древней ДНК это значит: данные с новых платформ можно смело объединять с Illumina. Но при работе с плохо сохранившимися образцами стоит проверять длину фрагментов, особенно если они секвенированы на MGI.
Аннотация
Актуальность: Исследования древней ДНК (дДНК) — одна из биологических областей, претерпевших преобразования благодаря развитию секвенирования нового поколения (NGS). На сегодняшний день секвенирование Illumina доминирует в исследованиях дДНК. Однако его высокая стоимость стимулирует внедрение альтернативных платформ секвенирования. Объединение данных, полученных на разных платформах, может привести к появлению артефактов, обусловленных ошибками, специфичными для каждой платформы. В данном исследовании систематически сравнивалась производительность четырёх платформ секвенирования (Illumina NovaSeq 6000, GeneMind SURFSeq 5000, Salus Evo и MGI DNBSEQ-G400) для полногеномного секвенирования дДНК с использованием одного и того же набора из шести образцов и библиотек. Методы: Одноцепочечные библиотеки, подготовленные с ферментативным восстановлением повреждений и без него, были созданы из шести образцов дДНК человека, полученных из Фанагорийского полиса, и секвенированы на всех четырёх платформах. Данные были подвергнуты субдискретизации до равного числа прочтений на библиотеку, картированы на референсный геном человека и сравнены с использованием стандартных метрик качества NGS. Популяционно-генетические анализы, включая анализ главных компонент (PCA) и ADMIXTURE, были выполнены для оценки потенциальных платформо-специфичных смещений. Результаты: Все платформы produced сырые данные секвенирования приемлемого качества. В стандартных метриках NGS между платформами наблюдались лишь незначительные различия. Платформа MGI продемонстрировала сдвиг в сторону большей длины секвенируемых фрагментов по сравнению с Illumina и Illumina-подобными платформами. Паттерны постмортальных повреждений, в частности замены C>T, были высоко согласованными на всех платформах. Анализы PCA и ADMIXTURE не выявили доказательств платформо-специфичного смещения: результаты со всех платформ кластеризовались плотно вместе, и выбор платформы не оказывал значимого влияния на оценки компонентов происхождения. Выводы: Наши результаты демонстрируют, что платформы секвенирования GeneMind, Salus и MGI сопоставимы с Illumina для палеогеномных исследований. Более того, наборы данных дДНК, полученные на этих платформах, могут быть объединены для последующего анализа без внесения обнаруживаемого смещения. Однако сдвиг в размере фрагментов, наблюдаемый на платформе MGI, требует осторожности и адаптации при работе с сильно деградированными образцами или образцами с низким содержанием эндогенной ДНК.