High-coverage paleo-genome research identifies a pathogenic mutation on EXT1 in a Qing-period Chinese individual with multiple osteochondromas

การวิจัยจีโนมโบราณที่มีความครอบคลุมสูงระบุการกลายพันธุ์ที่ก่อโรคบน EXT1 ในบุคคลจีนสมัยราชวงศ์ชิงที่มีภาวะกระดูกอ่อนงอกหลายตำแหน่ง

PRJCA069372 บทความต้นฉบับ / DOI2026-07-251 ตัวอย่าง (การศึกษา)

การตีความโดย AIสร้างโดย AI

จีโนมโบราณจากราชวงศ์ชิงเผยการกลายพันธุ์ก่อโรค EXT1 ในโรคกระดูกอ่อนหลายจุด

งานวิจัยนี้สกัดดีเอ็นเอโบราณจากกระดูกหูชั้นในของบุคคลจากมณฑลซานตง ยุคชิง (จีน) ที่สงสัยเป็นโรค multiple osteochondromas (MO) ทำ whole-exome sequencing ได้ความลึกเฉลี่ย 27.172× พบการกลายพันธุ์แบบ heterozygous ที่ก่อโรคในยีน EXT1 ตำแหน่ง c.791T>C (p.Leu264Pro) ซึ่งอยู่ในโดเมน Rossmann-2 ที่จับลิแกนด์ ความลึก 17× การกลายพันธุ์นี้ยังพบในผู้ป่วยสมัยใหม่จากละตินอเมริกาที่ไม่เกี่ยวข้องกัน และการวิเคราะห์โครงสร้าง 3 มิติของโปรตีน EXT1 บ่งชี้ความเสียหายต่อโครงสร้างและหน้าที่

พบการกลายพันธุ์ก่อโรค heterozygous c.791T>C (p.Leu264Pro) ในยีน EXT1 จากดีเอ็นเอโบราณยุคชิง ความลึก 17×
การกลายพันธุ์นี้อยู่ในโดเมน Rossmann-2 ที่จับลิแกนด์ และยังพบในผู้ป่วยสมัยใหม่จากละตินอเมริกาที่ไม่เกี่ยวข้องกัน
การวิเคราะห์โครงสร้าง 3 มิติของโปรตีน EXT1 ชี้ว่ามีความเสียหายต่อโครงสร้างและหน้าที่

การตีความตัวอย่าง

ตัวอย่างมีเพียง 1 ราย จากกระดูกหูชั้นใน (petrous bone) ยุคชิง มณฑลซานตง ประเทศจีน สาย paternal ถูกจัดอยู่ใน haplogroup O-TYT63912 และสาย maternal อยู่ใน G1c ความลึกเฉลี่ยของ exome อยู่ที่ 27.172× ซึ่งสูงพอสำหรับการวิเคราะห์ทางพันธุกรรมระดับโบราณ

สำหรับผู้สนใจวงศ์วานว่านเครือ

ช่วยให้ผู้สนใจบรรพบุรุษเห็นว่าดีเอ็นเอโบราณไม่เพียงบอกสายเลือด แต่ยังวินิจฉัยโรคทางพันธุกรรมได้จริง ขยายขอบเขตการกลายพันธุ์ของ EXT1 และเชื่อมภาพโรคในอดีตกับพันธุกรรมสมัยใหม่

บทคัดย่อ

Multiple osteochondromas (MO) เป็นโรคกระดูกที่พบได้ยากและมีอาการแสดงที่หลากหลาย ทำให้ยากต่อการแยกจากโรคที่มีลักษณะคล้ายคลึงกันทางฟีโนไทป์ ทั้งทางสัณฐานวิทยาและทางรังสีวิทยา ในฐานะที่เป็นโรคที่เกิดจากการกลายพันธุ์ของยีนเดี่ยวที่เกี่ยวข้องกับการกลายพันธุ์ใน EXT1 หรือ EXT2 การวิเคราะห์ดีเอ็นเอโบราณสามารถให้การวินิจฉัยที่ยืนยันทางพันธุกรรมและข้อมูลเชิงลึกเกี่ยวกับพยาธิกำเนิดของกรณีที่สงสัย เพื่อศึกษากรณี MO ที่สงสัยซึ่งเคยรายงานไว้ก่อนหน้านี้จากมณฑลซานตง ประเทศจีน สมัยราชวงศ์ชิงเพิ่มเติม เราได้สร้างข้อมูลการหาลำดับเอ็กโซมทั้งหมดจากกระดูก petrous ของบุคคลนั้น โดยได้ความครอบคลุมของการหาลำดับเฉลี่ย 27.172× เราระบุการกลายพันธุ์แบบเฮเทอโรไซกัสที่ก่อโรคในตำแหน่ง ligand-binding site ของโดเมน Rossmann-2 subdomain ของ EXT1 (c.791T > C; p.Leu264Pro) ด้วยความลึกของการหาลำดับ 17× ซึ่งเป็นการกลายพันธุ์ที่พบเช่นกันในผู้ป่วยสมัยใหม่จากละตินอเมริกาที่ไม่มีความเกี่ยวข้องกัน นอกจากนี้ โดยการทำนายและวิเคราะห์โครงสร้าง 3 มิติของโปรตีน EXT1 เราตรวจพบความเสียหายทางโครงสร้างและการทำงาน ผลการค้นพบของเราขยายขอบเขตของการกลายพันธุ์ EXT1 ที่ทราบแล้ว และเสริมสร้างแผนที่ความสัมพันธ์ระหว่างจีโนไทป์–ฟีโนไทป์ที่ครอบคลุมของ MO ที่พบได้ยาก ให้ข้อมูลเชิงลึกเกี่ยวกับพยาธิวิทยาทางพันธุกรรมจากมุมมองทางประวัติศาสตร์ ยิ่งไปกว่านั้น งานวิจัยนี้ยังขยายความเข้าใจเกี่ยวกับภูมิทัศน์ของโรคในภาคเหนือของจีน ทั้งในด้านพยาธิวิทยาโบราณและพันธุศาสตร์โบราณ

ตัวอย่างและข้อมูลบน TheYtree

1ตัวอย่างบนเว็บไซต์

1ระบุกลุ่มแฮพลโล Y แล้ว

กลุ่มแฮพลโลสายพ่อ (Y-DNA)

กลุ่ม haplo	สมัยใหม่
O-TYT63912	1

กลุ่มแฮพลโลสายแม่ (mtDNA)

G1c · 1

ตัวอย่างเด่น ตัวอย่างเพิ่มเติม →

ตัวอย่าง	Y-DNA	mtDNA	วัฒนธรรม / ยุคสมัย
IC2613(HRR3435266)-清代	O-TYT63912	G1c	· 清代 Qing Dynasty