Medieval Mongolian aDNA PMD benchmark

มาตรฐานเปรียบเทียบ PMD สำหรับ aDNA มองโกเลียยุคกลาง

PRJEB112497 2026-09-072 ตัวอย่าง (การศึกษา)

การตีความโดย AIสร้างโดย AI

ทดสอบวิธีแก้ความเสียหาย DNA โบราณในตัวอย่างมองโกลยุคกลาง

งานวิจัยนี้เปรียบเทียบวิธีจัดการความเสียหายของ DNA โบราณ 3 วิธี ได้แก่ การตัดปลายสาย การปรับคุณภาพเบสด้วย mapDamage2 และการปิดบัง SNP ด้วย bamRefine โดยใช้ตัวอย่างสองคนจากหลุมฝังศพ Oortsog Ovoo ในยุคจักรวรรดิมองโกล (ศตวรรษที่ 13-14) ทั้งคู่ถูกวิเคราะห์ด้วยเทคนิค full-UDG และ non-UDG ผลปรากฏว่าไม่มีวิธีใดดีที่สุดในทุกตัวชี้วัด

ไม่มีวิธีแก้ความเสียหายใดที่ให้ผลดีที่สุดในทุกตัวชี้วัด
หลักฐานทางพันธุกรรมสนับสนุนความสัมพันธ์แบบพ่อแม่-ลูกระหว่าง ORT15 และ ORT16
ตัวอย่างทั้งสองมี haplogroup ไมโตคอนเดรีย D4o1 เหมือนกัน

การตีความตัวอย่าง

ตัวอย่างมีเพียง 2 คนจากแหล่งเดียวกัน คือ ORT15 และ ORT16 ยุคจักรวรรดิมองโกล ทั้งคู่มี mtDNA สาย D4o1 เหมือนกัน และหลักฐานบ่งชี้ว่าเป็นพ่อแม่-ลูกกัน ข้อมูล Y-DNA ไม่สามารถระบุได้ จึงไม่มีการจำแนก haplogroup ฝ่ายพ่อ

สำหรับผู้สนใจวงศ์วานว่านเครือ

สำหรับผู้สนใจบรรพบุรุษ งานนี้เตือนว่าการเลือกวิธีจัดการความเสียหาย DNA โบราณอาจส่งผลต่อการอ่านสายพันธุ์และการประเมินความสัมพันธ์ ควรดูหลายตัวชี้วัดประกอบกัน ไม่ควรเชื่อวิธีใดวิธีหนึ่งเพียงอย่างเดียว

บทคัดย่อ

โครงการนี้เปรียบเทียบการตัดปลายเทอร์มินัล การปรับสเกลคุณภาพเบสด้วย mapDamage2 และการปกปิด known-SNP ด้วย bamRefine ในไลบรารีที่ผ่านการบำบัดด้วย uracil-DNA glycosylase แบบเต็มรูปแบบ (full-UDG) และไลบรารีที่ไม่ผ่าน UDG ที่จับคู่กันจากบุคคลสมัยมองโกลยุคกลางสองคน คือ ORT15 และ ORT16 จาก Oortsog Ovoo (คริสต์ศตวรรษที่ 13 และ 14) เราได้ประเมินการสนับสนุนอัลลีลที่เกี่ยวข้องกับความเสียหาย การคงอยู่ของตำแหน่ง การเห็นพ้องของการเติมข้อมูลข้ามไลบรารี และการอนุมานความสัมพันธ์ทางเครือญาติ หลักฐานทางพันธุกรรมสนับสนุนความสัมพันธ์แบบพ่อแม่-ลูก และไม่มีวิธีการแก้ไขใดที่ทำงานได้ดีที่สุดในทุกมาตรวัด ชุดข้อมูลประกอบด้วยการหาลำดับทั้งจีโนมแบบ paired-end ด้วย Illumina NovaSeq X ของไลบรารีดีเอ็นเอสายคู่ที่เตรียมจากกระดูก petrous

ตัวอย่างและข้อมูลบน TheYtree

2ตัวอย่างบนเว็บไซต์

0ระบุกลุ่มแฮพลโล Y แล้ว

กลุ่มแฮพลโลสายแม่ (mtDNA)

D4o1 · 2