From bones to sediments: ancient human DNA from open-air archaeological sites

เก็บตัวอย่างตะกอนห้าตัวอย่างที่แหล่งฝังศพแห่งหนึ่ง คือปราสาทคัทสึเร็น ตั้งอยู่ในโอกินาวะ ซึ่งมีอายุราวกลางคริสต์ศตวรรษที่ 12 ถึงต้นคริสต์ศตวรรษที่ 13 ในสมัยกุสุคุ (ภาพที่ 1) ณ ที่นี้ พบหลุมฝังศพสองแห่งที่มีโครงกระดูกอยู่ใต้กำแพงปราสาท ตัวอย่างตะกอนหนึ่งตัวอย่างจากภายในกะโหลกศีรษะถูกเก็บจากหลุมที่ 138 จากหลุมที่ 178 ได้ตัวอย่างตะกอนสี่ตัวอย่าง ได้แก่ หนึ่งตัวอย่างจากภายในกะโหลกศีรษะ หนึ่งตัวอย่างจากตะกอนรอบกระดูกสะโพก หนึ่งตัวอย่างจากตะกอนรอบกระดูกซี่โครง และหนึ่งตัวอย่างจากพื้นที่ภายนอกหลุม (ภาพที่ 1 ตาราง S1) นอกจากนี้ ยังได้เก็บกระดูกซี่โครงหนึ่งชิ้นจากแต่ละบุคคลเพื่อเปรียบเทียบกับผลลัพธ์ที่ได้จากตะกอน แหล่งที่สองเป็นแหล่งที่อยู่อาศัยที่รู้จักในชื่อโอชิมะ 2 ซึ่งมีอายุราวคริสต์ศตวรรษที่ 11 ถึง 12 ในสมัยซัทสึมง และตั้งอยู่ในฮอกไกโด (ภาพที่ 1) เราเก็บตัวอย่างตะกอนสิบเอ็ดตัวอย่างจากบริบทต่างๆ ภายในแหล่ง (ภาพ S1 ตาราง S2) ดีเอ็นเอถูกสกัดจากทุกตัวอย่างและหาลำดับโดยใช้แพลตฟอร์ม Illumina NovaSeq และ iSeq (ดูวิธีการ) เราดำเนินการผสมผสานระหว่างการหาลำดับแบบ shotgun (จำนวนอ่านระหว่าง 12447839 ถึง 85971229) และการเพิ่มปริมาณแบบเจาะจงสำหรับ mtDNA ของมนุษย์ (จำนวนอ่านระหว่าง 70064 ถึง 2174014) เพื่อตรวจสอบความเป็นไปได้ในการระบุฮาพโลกรุ๊ป mtDNA ของมนุษย์จากตัวอย่างตะกอนในแหล่งโบราณคดีกลางแจ้ง