Yapay zekâ yorumuYapay zekâ üretimi
Letonya'daki veba kurbanlarının antik DNA'sı, pla genini kaybetmiş Yersinia pestis suşlarını ortaya çıkardı.
1347-1353 Kara Ölüm ile başlayan ikinci veba salgınının 18. yüzyılda sona ermesinin nedeni tam olarak bilinmiyor. Bu çalışmada, Letonya'nın Riga kentindeki 17. yüzyıl mezarlarından çıkarılan 16 insan kalıntısının dişlerinden DNA elde edildi. Dört bireyde veba bakterisi Yersinia pestis'e ait diziler bulundu; iki örnekte genom yeniden oluşturuldu. İlginç şekilde, bu iki Letonya suşu birbirine yakın değildi ve pla virülans genini içeren pPCP1 plazmit bölgesinde bir kayıp tespit edildi.
- Riga'daki 16 kalıntıdan 4'ünde Yersinia pestis DNA'sı saptandı; bu bireylerin veba kurbanı olduğu doğrulandı.
- İki Letonya suşu birbirinden farklıydı ve bilinen Kara Ölüm sonrası genom çeşitliliği içinde yer alıyordu.
- Suşlarda pla geni içeren pPCP1 plazmit bölgesinde kayıp görüldü; aynı bakteri hem pla'lı hem pla'sız iki farklı pPCP1 plazmiti taşıyordu.
Örnek yorumu
Bu çalışmada 16 bireyden diş örneği alınmış, bunlardan 4'ünde veba bakterisi tespit edilmiştir. Y kromozomu 5 örnekte çözümlenebilmiş; en sık N-Y15922 (2), ardından R-L23, T-L446 ve R-L51 (birer kez) görülmüştür. Mitokondriyal DNA'da ise U5a2a1 ve U5b1b1f (birer iki kez), H5a1a, H1g1, W6a ve H24b (birer kez) saptanmıştır. Bu dağılım, dönemin Riga toplumunda genetik çeşitliliğe işaret eder.
Soy meraklıları için
Bu bulgular, veba salgınının sona ermesinde pla genini kaybetmiş suşların rol oynayabileceğini gösteriyor. Letonya gibi Doğu Avrupa örnekleri, hastalığın yayılım ve evrimini anlamada Batı Avrupa odaklı çalışmaları tamamlayıcı niteliktedir.
Özet
Antik genomik çalışmalar, Yersinia pestis'in (Y. pestis) Kara Ölüm (1.347–1.353) ile başlayan ikinci veba pandemisinin (on dördüncü–on sekizinci yüzyıl) etken maddesi olduğunu tanımlamıştır. Bu pandemiden incelenen Y. pestis suşlarının çoğu Batı Avrupa'dan izole edilmiştir ve bu bakterinin Doğu Avrupa ülkelerindeki çeşitliliği ve mikroevrimi hakkında fazla bilgi yoktur. Bu çalışmada, Riga'da (Letonya) iki mezarlıktan çıkarılan insan kalıntılarını inceledik. Tarihsel kanıtlar, gömülerin on yedinci yüzyıldaki veba salgınlarının bir sonucu olduğunu göstermektedir. 16 bireyin dişlerinden DNA ekstrakte edildi ve shotgun dizilemeye tabi tutuldu. Metagenomik verilerin analizi, dört kalıntıda Y. pestis dizilerinin varlığını ortaya çıkardı ve gömülen bireylerin veba kurbanı olduğunu doğruladı. İki örnekte, Y. pestis DNA kapsamı genom rekonstrüksiyonu için yeterliydi. Sonraki filogenetik analiz, Riga suşlarının zaten bilinen Kara Ölüm sonrası genomların çeşitliliği içinde yer aldığını gösterdi. İlginç bir şekilde, iki Letonya izolatı birlikte kümeleşmedi. Ayrıca, pla genini içeren pPCP1 plazmit bölgesinin kapsamında bir düşüş tespit ettik. Daha ileri analiz, biri pla gen bölgesini içeren ve biri içermeyen iki pPCP1 plazmitinin ve yalnızca bir bakteriyel kromozomun varlığını gösterdi; bu, aynı bakterinin iki farklı pPCP1 plazmiti taşıdığını göstermektedir. Ek olarak, aynı örüntüyü daha önce yayımlanmış Kara Ölüm sonrası suşların çoğunda bulduk, ancak Kara Ölüm suşlarında bulmadık. pla geni, insanlarda enfeksiyon ve bulaş için önemli bir virülans faktörüdür. Bu nedenle, pla-tükenmiş suşların yayılması, diğer nedenlerin yanı sıra, on sekizinci yüzyıl Avrupa'sında ikinci veba pandemisinin ortadan kaybolmasına katkıda bulunmuş olabilir.