祖源树 Oturum aç Bilimsel Antik DNA Kağıtları

High incidence of AZF duplications in clan-structured Iranian populations detected through Y chromosome sequencing read depth analysis

İran'ın klan yapılı popülasyonlarında Y kromozomu dizileme okuma derinliği analiziyle saptanan yüksek AZF duplikasyon insidansı
PRJEB61684 Orijinal makale / DOI2023-07-2287 örnek (çalışma)

Yapay zekâ yorumuYapay zekâ üretimi

İran'ın klan yapılı topluluklarında Y kromozomu AZF bölgesinde yüksek oranda duplikasyon tespit edildi.

Bu çalışma, İran'dan farklı etnik gruplara mensup 87 erkeğin Y kromozomunu yeni nesil dizileme (NGS) okuma derinliği yöntemiyle incelemiş. AZFb/c bölgesindeki duplikasyonlar, 1000 Genomes veri setine kıyasla İran'da iki kat daha sık bulunmuş. Duplikasyonların çoğu, babasoylu (patrilineal) klan temelli topluluklarda görülmüş; bunun nedeni, bu gruplarda erkek etkin popülasyon büyüklüğünün düşük olması ve negatif seçilimin zayıflaması olabilir.

Örnek yorumu

Çalışmada 87 İranlı erkek örneklenmiş ve tümünün Y haplogrubu çözümlenmiş. En sık görülen haplogruplar T-TY491558 (3 kişi), J-TY491553, J-Y83029, J-TY491551 ve N-Y37153 (birer ikişer kişi) ile R-FTF19244, J-FGC32753 ve G-BY202563 (birer kişi) olarak sıralanıyor. Örneklerin çoğu J ve T gibi Batı Asya'da yaygın babasoylu soylara ait; bu da klan yapılı popülasyonlarda Y kromozomu çeşitliliğinin düşük olduğunu destekliyor.

Soy meraklıları için

Erkek infertilitesi araştırılırken sadece AZF delesyonlarına değil, duplikasyonlara da bakmak önemli. Özellikle babasoylu klan topluluklarında yaşıyorsanız, Y kromozomunuzda bu tür yapısal değişimlerin görülme olasılığı daha yüksek olabilir.

Özet

İnsan Y kromozomunun amplikonik bölgesi, allelik olmayan homolog rekombinasyona (NAHR) uğrayabilen büyük duplike dizilerden oluşur ve bu durum, özellikle azospermi faktörü b/c (AZFb/c) bölgesinde meydana geldiğinde kısırlığa neden olabilecek yapısal yeniden düzenlemelere yol açar. AZF duplikasyonları, esas olarak delesyonlara odaklanan STS tabanlı çalışmaların teknik sınırlamaları nedeniyle uzun süre ihmal edilmiş olsa da, son yeni nesil dizileme (NGS) teknolojileri bunların fertilite üzerindeki önemine dair kanıtlar sunmuştur. Bu çalışmada, farklı etnik gruplardan 87 İranlıda AZFb/c yeniden düzenlemelerini tespit etmek için bir NGS okuma derinliği yaklaşımı kullanılmıştır. İran'daki duplikasyon sıklığının "1000 Genomes" veri setindekinin iki katı olduğu kanıtlanmıştır. İlginç bir şekilde, duplikasyonların çoğu, negatif seçilimi dengeleyebilen daha düşük erkek etkin popülasyon büyüklüğünün bir sonucu olarak, babasoylu etnik gruplarda bulunmuştur. Ayrıca, AZFc genlerinin kopya sayısında dört kat artışa yol açan büyük bir 8.0 Mb duplikasyon bulduk; bu, bildiğimiz kadarıyla bu bölgede şimdiye kadar bildirilen en büyük duplikasyondur. Genel olarak, sonuçlarımız erkek kısırlığının nedenlerini araştırmak için sadece AZF delesyonlarının değil aynı zamanda duplikasyonlarının da dikkate alınmasının önemli olduğunu, özellikle de babasoylu klan temelli popülasyonlarda, göstermektedir.

TheYtree'deki örnekler ve veriler

87sitedeki örnekler
87Y haplogrubu belirlendi

Babasal (Y-DNA) haplogrupları

HaplogrupÖrnekler
T-TY491558 3
J-TY491553 2
J-Y83029 2
J-TY491551 2
N-Y37153 2
R-FTF19244 1
J-FGC32753 1
G-BY202563 1
R-FGC52936 1
T-Y54985 1
R-Y98084 1
R-Y2568 1

Öne çıkan örnekler Daha fazla örnek →

ÖrnekY-DNAmtDNAKültür / Dönem
R083 J-TY491551 —
R013 R-Y65452 —
R068 R-SK2014 —
R018 R-FGC52936 —
R003 J-FT249691 —
R086 G-Z6764 —
R001 T-Y152024 —
R002 R-Z2110 —
R004 Q-FT387652 —
R005 J-Y144533 —