From bones to sediments: ancient human DNA from open-air archaeological sites

Kemiklerden tortullara: açık hava arkeolojik alanlarından antik insan DNA'sı

PRJEB87497 Orijinal makale / DOI2026-03-024 örnek (çalışma)

Yapay zekâ yorumuYapay zekâ üretimi

Açık hava arkeolojik alanlarındaki tortulardan insan mtDNA'sı elde edilebilir mi?

Bu çalışma, Japonya'daki iki açık hava arkeolojik alanından (Okinawa'daki Katsuren kalesi ve Hokkaido'daki Oshima 2) alınan tortu örneklerinden insan mitokondriyal DNA'sının (mtDNA) elde edilip edilemeyeceğini araştırdı. Araştırmacılar, tortulardan DNA çıkarıp dizilediler ve hem tüm genom (shotgun) hem de hedefli mtDNA zenginleştirme yöntemlerini kullandılar. Amaç, kemik olmadan sadece topraktan mtDNA haplogruplarının belirlenip belirlenemeyeceğini test etmekti.

Tortu örneklerinden insan mtDNA'sı başarıyla elde edildi ve haplogruplar belirlendi.
Katsuren kalesi'ndeki iki gömütten alınan tortularda M7a1b1, D4j ve D4a1 haplogrupları tespit edildi.
Oshima 2'deki 11 tortu örneğinden de mtDNA analizi yapıldı, ancak sonuçlar metinde paylaşılmadı.

Örnek yorumu

Çalışmada toplam 16 tortu örneği incelendi: Katsuren kalesi'nden 5, Oshima 2'den 11. Katsuren'deki 138 numaralı çukurdan kafatası içi tortu, 178 numaralı çukurdan ise kafatası içi, kalça ve kaburga çevresi ile çukur dışı olmak üzere 4 tortu örneği alındı. Ayrıca her bireyden bir kaburga kemiği de karşılaştırma için toplandı. Oshima 2'den alınan 11 örnek farklı bağlamlardan elde edildi.

Soy meraklıları için

Bu bulgular, özellikle kemik buluntularının olmadığı veya az olduğu açık hava arkeolojik alanlarında, tortulardan elde edilen antik DNA'nın popülasyon geçmişi ve göç yolları hakkında bilgi sağlayabileceğini gösteriyor. Gelecekte daha fazla örnekle doğrulama gerekiyor.

Özet

Katsuren kalesi, Okinawa'da bulunan ve Gusuku dönemine, yani 12. yüzyılın ortasından 13. yüzyılın başına tarihlenen bir gömü alanında beş tortu örneği toplandı (Şekil 1). Burada, kale duvarının altında iskelet kalıntıları içeren iki gömü bulundu. Pit 138'den kafatası içinden bir tortu örneği alındı. Pit 178'den dört tortu örneği elde edildi: biri kafatası içinden, biri kalça kemikleri çevresindeki tortudan, biri kaburga kemikleri çevresindeki tortudan ve biri çukurun dışındaki bir alandan (Şekil 1, Tablo S1). Ayrıca, tortulardan elde edilen sonuçlarla karşılaştırmak için her bireyden bir kaburga kemiği toplandı. İkinci alan, Satsumon dönemine, yani 11. ila 12. yüzyıla tarihlenen ve Hokkaido'da bulunan Oshima 2 olarak bilinen bir yerleşim alanıdır (Şekil 1). Alandaki farklı bağlamlardan on bir tortu örneği topladık (Şekil S1, Tablo S2). Tüm örneklerden DNA çıkarıldı ve Illumina NovaSeq ve iSeq platformları kullanılarak dizilendi (bkz. Yöntemler). Açık hava arkeolojik alanlarındaki tortu örneklerinden insan mtDNA haplogruplarını belirlemenin uygulanabilirliğini araştırmak için, shotgun dizileme (12447839 ile 85971229 arasında okuma sayısı) ve insan mtDNA'sı için hedefli yakalama zenginleştirmesi (70064 ile 2174014 arasında okuma sayısı) kombinasyonunu gerçekleştirdik.

TheYtree'deki örnekler ve veriler

4sitedeki örnekler

0Y haplogrubu belirlendi

Anasoyu (mtDNA) haplogrupları

M7a1b1 · 2 D4a1 · 1 D4j · 1