Giải thích bằng AIDo AI tạo
Bốn nền tảng giải trình tự đều cho kết quả ADN cổ đại tương đương Illumina.
Nghiên cứu so sánh bốn máy giải trình tự gen (Illumina NovaSeq 6000, GeneMind SURFSeq 5000, Salus Evo, MGI DNBSEQ-G400) trên cùng sáu mẫu ADN cổ từ Phanagoria. Kết quả cho thấy tất cả đều đạt chất lượng tốt, mô hình tổn thương C>T nhất quán, và phân tích di truyền quần thể không bị ảnh hưởng bởi nền tảng. Chỉ MGI có xu hướng đọc đoạn dài hơn, cần lưu ý với mẫu phân hủy mạnh.
- Cả bốn nền tảng đều tạo dữ liệu thô chất lượng chấp nhận được, khác biệt chỉ ở mức nhỏ.
- Mô hình tổn thương sau khi chết (đặc biệt C>T) rất nhất quán giữa các nền tảng.
- Không phát hiện sai lệch nền tảng trong PCA và ADMIXTURE; các mẫu từ các máy khác nhau có thể gộp chung phân tích.
- MGI DNBSEQ-G400 cho độ dài đoạn đọc dài hơn so với Illumina và các nền tảng tương tự.
Giải thích mẫu
Bốn mẫu ADN cổ từ Phanagoria polis (Nga) được giải trình tự toàn bộ hệ gen. Nhiễm sắc thể Y xác định được 4 dòng: C-FT155548, J-BY69547, G-BY109806, G-Z44222. ADN ty thể gồm các nhóm B4b1a3a, U3b3, U2e2a1, U1a1a1a. Đây là các mẫu đa dạng về nguồn gốc, phù hợp để kiểm tra độ ổn định giữa các nền tảng giải trình tự.
Dành cho người yêu thích gia phả
Người yêu thích di truyền có thể yên tâm sử dụng dữ liệu từ GeneMind, Salus, MGI mà không lo sai lệch so với Illumina. Tuy nhiên, với mẫu cổ phân hủy mạnh, nên kiểm tra kỹ độ dài đoạn đọc từ MGI để tránh sai sót.
Tóm tắt
Bối cảnh: Nghiên cứu DNA cổ (aDNA) là một trong những lĩnh vực sinh học đã được biến đổi nhờ sự phát triển của giải trình tự thế hệ tiếp theo (NGS). Cho đến nay, giải trình tự Illumina đã chiếm ưu thế trong nghiên cứu aDNA. Tuy nhiên, chi phí cao của nó đang thúc đẩy việc áp dụng các nền tảng giải trình tự thay thế. Việc kết hợp dữ liệu được tạo ra trên các nền tảng khác nhau có thể đưa vào các sai lệch phát sinh từ lỗi đặc thù của nền tảng. Nghiên cứu này đã so sánh một cách hệ thống hiệu suất của bốn nền tảng giải trình tự (Illumina NovaSeq 6000, GeneMind SURFSeq 5000, Salus Evo và MGI DNBSEQ-G400) cho giải trình tự aDNA toàn bộ hệ gen bằng cách sử dụng cùng một bộ sáu mẫu và thư viện. Phương pháp: Các thư viện sợi đơn, được chuẩn bị có và không có sửa chữa tổn thương bằng enzyme, được tạo ra từ sáu mẫu vật aDNA người thu hồi từ Phanagoria polis và được giải trình tự trên cả bốn nền tảng. Dữ liệu được lấy mẫu phụ để có số lượng đọc bằng nhau cho mỗi thư viện, được ánh xạ tới hệ gen tham chiếu người và được so sánh bằng các chỉ số chất lượng NGS tiêu chuẩn. Các phân tích di truyền quần thể, bao gồm phân tích thành phần chính (PCA) và ADMIXTURE, được thực hiện để đánh giá các sai lệch tiềm ẩn đặc thù của nền tảng. Kết quả: Tất cả các nền tảng đều tạo ra dữ liệu giải trình tự thô có chất lượng chấp nhận được. Chỉ có những khác biệt nhỏ được quan sát giữa các nền tảng về các chỉ số NGS tiêu chuẩn. Nền tảng MGI cho thấy sự dịch chuyển về độ dài đoạn được giải trình tự dài hơn so với Illumina và các nền tảng giống Illumina. Các mô hình tổn thương sau khi chết, đặc biệt là các thay thế C>T, rất nhất quán trên tất cả các nền tảng. Phân tích PCA và ADMIXTURE không cho thấy bằng chứng về sai lệch đặc thù của nền tảng: kết quả từ tất cả các nền tảng tập trung chặt chẽ với nhau và việc lựa chọn nền tảng không có ảnh hưởng đáng kể đến các ước tính thành phần tổ tiên. Kết luận: Các phát hiện của chúng tôi chứng minh rằng các nền tảng giải trình tự GeneMind, Salus và MGI có thể so sánh với Illumina cho nghiên cứu hệ gen cổ. Hơn nữa, các bộ dữ liệu aDNA được tạo ra trên các nền tảng này có thể được kết hợp cho các phân tích hạ nguồn mà không đưa vào sai lệch có thể phát hiện được. Tuy nhiên, sự dịch chuyển kích thước đoạn được quan sát trên nền tảng MGI đòi hỏi sự thận trọng và điều chỉnh khi làm việc với các mẫu bị suy thoái cao hoặc có hàm lượng nội sinh thấp.