Comparison of Illumina NovaSeq 6000, GeneMind SURFSeq 5000, Salus Evo, and MGI DNBSEQ-G400 for Ancient DNA Whole-Genome Sequencing

背景：古代DNA（aDNA）研究是受次世代定序（NGS）發展所改變的生物學領域之一。迄今為止，Illumina定序一直主導著aDNA研究。然而，其高昂的成本正推動著替代定序平台的採用。合併在不同平台上產生的數據可能會引入源自平台特異性錯誤的偽影。本研究系統性地比較了四個定序平台（Illumina NovaSeq 6000、GeneMind SURFSeq 5000、Salus Evo和MGI DNBSEQ-G400）在全基因組aDNA定序中的表現，使用同一組六個樣本和文庫。方法：以六個從Phanagoria城邦出土的人類aDNA標本製備單股文庫，分別進行與未進行酵素性損傷修復，並在所有四個平台上定序。數據被次取樣至每個文庫相等的讀取數，比對至人類參考基因組，並使用標準NGS品質指標進行比較。進行群體遺傳學分析，包括主成分分析（PCA）和ADMIXTURE，以評估潛在的平台特異性偏差。結果：所有平台均產生品質可接受的原始定序數據。在標準NGS指標中，平台之間僅觀察到微小差異。與Illumina及類Illumina平台相比，MGI平台顯示出向較長定序片段長度偏移的趨勢。死後損傷模式，特別是C>T取代，在所有平台之間高度一致。PCA和ADMIXTURE分析未顯示平台特異性偏差的證據：所有平台的結果緊密聚類在一起，且平台選擇對祖源成分估計沒有顯著影響。結論：我們的研究結果表明，GeneMind、Salus和MGI定序平台在古基因組研究中與Illumina相當。此外，在這些平台上產生的aDNA數據集可以合併用於下游分析，而不會引入可檢測到的偏差。然而，在MGI平台上觀察到的片段大小偏移，在處理高度降解或低內源性含量的樣本時需要謹慎並進行調整。