祖源树 登入 科研 古人 論文

Blood group typing from whole-genome sequencing data

根據全基因組測序資料進行血型分型
PRJNA662371 原始論文 / DOI2020-11-1278 樣本(研究)

AI 解讀AI 生成

全基因組資料也能準確推斷血型,但深度是關鍵。

這篇研究想測試:用全基因組定序資料,能不能準確判斷紅血球抗原與HLA型別?他們分析了79個人的全基因組資料,針對9種紅血球抗原與HLA-DRB1,並自建包含1648個變異位點的資料庫。結果顯示,血型多態性有93%與舊方法一致,HLA-DRB1則有91%一致。研究強調,定序深度要高於15倍才可靠,否則可能出錯或無法判讀。整體來說,全基因組定序做血型分型是可行的,但技術仍需優化。

樣本解讀

站內樣本共79人,全部來自單一地點UZ8_90,且Y染色體單倍群全數成功解析。父系以R-M87為最大群(5人),其次為R-FT414862與R-FT412111(各4人),呈現多個R系分支。母系較分散,Z7與U2b2各3人最多,其餘如H、M30、HV2a、R5a2各2人。整體樣本數不多,但涵蓋多種父系與母系單倍群,適合用來初步觀察全基因組血型分型的可行性。

對祖源愛好者的意義

對祖源愛好者來說,這代表未來上傳全基因組資料時,除了尋根,還可能同時獲得血型與免疫基因資訊。但要注意定序深度是否足夠,否則結果可能不準。這也提醒我們,祖源檢測與醫療應用之間的界線正在模糊。

摘要

全基因組數據使許多問題得以探究。本研究旨在克服其主要限制,即軟體可用性和資料庫準確性,並評估從全基因組定序(WGS)數據進行紅血球(RBC)抗原分型的可行性。我們分析了79個個體的全基因組數據,針對HLA-DRB1及9種紅血球抗原。全基因組定序數據使用可對變異位置進行定相以定義等位基因或單倍型的軟體進行分析,並針對次世代定序數據的HLA分型進行驗證。我們建立了一個專用資料庫,包含在KEL(KEL)、ACKR1(FY)、SLC14A1(JK)、ACHE(YT)、ART4(DO)、AQP1(CO)、CD44(IN)、SLC4A1(DI)及ICAM4(LW)中分析的1648個變異位置。全基因組定序分型結果與先前透過基於擴增子的單等位基因定序及SNaPshot分析所獲得的結果進行比較。全基因組定序數據亦針對其他等位基因進行探究。我們的結果顯示血型多態性的符合率為93%,HLA-DRB1為91%。不正確的分型及未解決的結果證實,全基因組定序應在讀取深度嚴格高於15倍時被視為可靠。我們的結果支持從全基因組定序進行紅血球抗原分型是可行的,但需要在讀取深度方面進行改進,以提高單核苷酸變異(SNV)多態性分型的準確性。我們亦展示了全基因組定序在篩選具有罕見血液抗原捐贈者(如弱JK等位基因)方面的潛力。免疫遺傳學實驗室中全基因組定序分析的發展將為紅血球疾病的管理提供個人化照護。

TheYtree 上的樣本與資料

79站內樣本
79Y 單倍群已解析
1考古遺址

樣本地圖

地圖圖磚由 TheYtree 提供 · 圓點大小 = 樣本數

父系(Y-DNA)單倍群

單倍群現代人
R-M87 5
R-FT414862 4
R-FT412111 4
R-FT414871 3
R-BY127338 3
R-FT414897 2
R-FT353743 2
R-FT414889 2
R-FT321740 2
R-FT414875 2
R-Y210678 2
R-FT414891 2

母系(mtDNA)單倍群

樣本亮點 更多樣本 →

樣本Y-DNAmtDNA文化 / 時期
阿富汗人全基因组 R-FT353743 K1a11
阿富汗人全基因组 R-Y874 H4a2
TJ10_7 R-Y210376 H
阿富汗人全基因组 R-MF6714 R0a2j
阿富汗人全基因组 R-Y210678 H
阿富汗人全基因组 R-YP1532 J1d2
阿富汗人全基因组 R-M87 M65b
阿富汗人全基因组 R-Y208716 U2b2
阿富汗人全基因组 R-BY127338 F1b1b
阿富汗人全基因组 R-Y209316 T1a1